同治五年(1866年)，魏瀚考取马尾船政前学堂制造班，毕业后留在船政局供职。光绪元年(1876年)游历欧洲，光绪三年奉命留在法国为正式留学生，入削浦官学，兼学钢铁甲舰、枪枝制造和法律等，光绪五年学成回国在船政工程处供职，第二年被派往德国监制定远、镇远两舰，直到光绪八年才回船政局，负责横海、镜清等舰的设计工作。
光绪九年(1883年)中法马江之战前，魏瀚请求备战，不允，结果福建水师全军覆没。魏瀚“以报仇雪愤之心，寄于监作考工之事”，试制新式双机钢甲兵船，光绪十五年，竣工，命名为“平远”，拨北洋水师使用。但因“平远”试洋时小抽气机轴折损遭谤议，并受法员杜业尔等的排挤，只得离开船政局，充当湖广总督张之洞的幕僚。
光绪二十八年(1902年)，杜业尔聘期已满，福州将军崇善奏荐魏瀚为会办船政。魏瀚莅任，即查明杜业尔专擅立约、暗使船政局受亏数以百万计的情状，迫使法国驻上海领事和清外务部浙江宁绍道台高英到福州联合勘办，遣退杜业尔，废立约，维护中国的主权和利益。但不及两年，魏瀚因不肯迁就崇善以船政机器铸造铜元的奏议，参革去职，随被两广总督岑春煊聘任。光绪三十三年，春煊任邮传部尚书，仍举荐魏瀚到部工作，后派任广九铁路总办。宣统二年(1910年)魏瀚调任海军部造船总监。中华民国元年(1912年)，任福州船政局局长。民国4年率福州海军制造学校员生10人，赴英国学习制造飞机和潜艇，其间曾一度代理中国驻英海军留学生监督。民国11年回国，民国18年在河南六河沟煤矿公司寓所病逝，年78岁。
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