)行政院
依据《中华民国宪法》第53条规定：“行政院为国家最高行政机关。”，因此行政院是中华民国的最高行政机
行政院行政院虽依宪法规定是中华民国的最高行政机关，然其定义并不完全等同于“中华民国政府”。除广义的五院说法外，就狭义而言，1949年之后，迁徙至台湾的行政院亦称为中华民国政府[1]。惟经过1992年－2004年数度修宪后，中华民国总统权力增加，使得“中华民国政府”也可为行政院（内政、财经等）与总统府（部分之国防、外交）两机关之统称。
1928年，国民革命军完成北伐，东北军事首领张学良宣布支持南京政府后，国民政府于同年10月3日通过《中华民国国民政府组织法》，并依此法设置行政院为全国最高行政机关。同年10月8日，国民政府通过任谭延闿为首任行政院院长。当时的行政院设有内政、外交、军政、财政、农矿、工商、教育、交通、铁道、卫生等10部。10月25日行政院长及十部长宣誓就职，行政院正式办公。《中华民国宪法》于1947年元旦公布施行后，定行政院为国家最高行政机关；同年3月31日，《行政院组织法》公布，经过六次修正，成为现在“八部二会”的组织架构。
行政院成立时的第一任院长是谭延闿，国民政府迁台时的院长是阎锡山，迁台后首位被新任命的院长是陈诚，现任院长为刘兆玄。
由于宪法并没有明示副总统不应兼任行政院院长，所以在戒严时代，副总统陈诚，严家淦曾兼任行政院院长。在1996年间连战则以行政院院长身份当选副总统，并续任院长，引来宪政争议。司法院大法官于《释字第419号解释》中，认二者职务性质虽非显不相容，但仍不宜兼任，此争议最后因连战请辞而划下句点。
曾当过军人最高职位参谋总长而出任行政院院长有陈诚、郝柏村、唐飞。
民进党执政期间，除了军人出身的唐飞及省议员与宜兰县县长出身的游锡堃外，大部分担任院长者亦曾出任立法委员。
1949年，迁台后由阎锡山召开的首次行政院院会中，决议总统府与行政院以“介寿馆” （今总统府现址）为办公地址，于是确定行政院与总统府共署办公。此共署情形直至1957年后行政院搬出为止。
行政院目前的院址（通称行政院院区）系启用于1957年，位于台北市中正区忠孝东路与中山北路交叉口，与监察院隔街相望。行政院大厦原为日治时代的台北市役所（市政府）所在地，1945年至1957年间曾先后成为台湾省行政长官公署、台湾省政府的办公厅舍，目前已被列为国定古迹
依照《行政院组织法》第三条的规定，行政院设有内政部、外交部、国防部、财政部、教育部、法务部、经济部、交通部、蒙藏委员会及侨务委员会等8部2会，各部会首长均为政务委员。
依照该法第五条的规定，行政院设有主计处及新闻局。依照该法第六条：“行政院经行政院会议及立法院之决议，得增设、裁并各部、各委员会或其他所属机关”之规定，行政院设有卫生署、环境保护署、海岸巡防署、故宫博物院、大陆委员会、经济建设委员会、国军退除役官兵辅导委员会、青年辅导委员会、国家科学委员会、研究发展考核委员会、农业委员会、文化建设委员会、劳工委员会、公共工程委员会、原住民族委员会、体育委员会、客家委员会、金融监督管理委员会。
依照该法第十四条的规定，行政院设有北美事务协调委员会、法规委员会（目前视同院本部单位，并未独立在外）。
属下机关之设置法源
依照《中华民国宪法增修条文》第九条的规定，行政院设有人事行政局。
依照《中央银行法》第一条的规定，行政院设有中央银行。
依照《原子能法》第三条的规定，行政院设有原子能委员会。
依照《公职人员选举罢免法》第八条的规定，行政院设有中央选举委员会。
依照《公平交易法》第二十五条及二十九条的规定，行政院设有公平交易委员会。
依照《消费者保护法》第四十条的规定，行政院设有消费者保护委员会。
依照《飞航事故调查法》第三条的规定，行政院设有飞航安全调查委员会。(新组织条例在立法院尚未审议通过前，仍系依民用航空法第84条规定，设置飞航安全委员会)
依照《通讯传播基本法》第三条的规定，行政院设有国家通讯传播委员会，依法独立行使职权。
部
会
蒙藏委员会
侨务委员会
署
卫生署
环境保护署
海岸巡防署
委员会
大陆委员会
经济建设委员会
退除役官兵辅导委员会
青年辅导委员会
国家科学委员会
研究发展考核委员会
农业委员会
文化建设委员会
劳工委员会
公共工程委员会
原住民族委员会
体育委员会
客家委员会
金融监督管理委员会
原子能委员会
公平交易委员会
消费者保护委员会
飞航安全委员会
独立机关
中央选举委员会
国家通讯传播委员会
局、处及内部单位
新闻局
人事行政局
秘书处
主计处
北美事务协调委员会
法规委员会
其他机关
国立故宫博物院
中央银行
行政院设院长一人；中国民主社会党（民社党）籍知名学者张君劢起草1947年宪法时，设计偏向内阁制，院长由总统提名，经立法院同意后任命。总统政令以行政院院长副署为条件，近似内阁总理。由于国共内战，蒋介石实行动员戡乱，宪法增设临时条款赋予总统大权，国民政府迁台后蒋介石长期担任总统，宪法原始设计无法施行。仅有蒋经国担任院长时，政府体制一度形同内阁制。中华民国在台湾实行总统直选前后数次修宪，行政院院长副署权被取消，行政院院长之任命亦改为不需经由立法院同意，台湾学界认为现制的行政院院长近似“偏向总统制的双首长制”，部分人士则认为行政院院长近似总统之幕僚长。
行政院本部下设院长、副院长一人、秘书长一人、不管部会之政务委员5至7人。行政院院长、副院长、政务委员，与八部二会、各委员会首长共同组成“行政院会议”（简称院会），名义上为中华民国的内阁。至于行政院秘书长、副秘书长、主计长、人事行政局局长、新闻局局长，以及台北市市长、高雄市市长等经行政院院长指定之机关首长，虽应列席行政院会议，但没有表决权。
原则上，行政院会议每周举行一次，但国家发生重大事件时，行政院院长得召开临时会议。2000年之前，行政院会议固定为每星期四召开，民主进步党在2000年至2008年执政期间曾调整为星期三，但刘兆玄内阁上任后再度改回星期四。截至2008年8月底为止，行政院共计召开过3107次院会。
自中华民国政府于1949年迁台之后，行政院的组织架构就长期维持8部2会的建制；但进入1990年代之后，因应政务的需求，行政院的属下机关开始大量成立，但行政院所属部会开始扩编之后，过多的组织机关反而不利于政务的推行，故于1990年末期，行政院就着手规划进行“政府改革工程” ，而立法院于2004年6月13日通过《中央行政机关组织基准法》，作为中央政府各部门组织调整的基准法源。
行政院原计划依据该法，于2006年1月1日起，将其属下的中央政府部门调整为十三部、四会和五独立机关，但由于立法院未能通过配套之《行政院组织法》修正案，该计划因而停摆。原本预期2008年2月13日行政院院会会通过新版《行政院组织法》修正案，将其属下的中央部门调整为为十四部、七会和五独立机关，但因兹事体大；未来此修正案内容可能有所变化。
14部：
内政与国土安全部
外交及侨务部
国防部
退伍军人事务部
财政部
教育及体育部
法务部
经济贸易部
交通及建设部
劳动及人力资源部
农业部
卫生及社会安全部
环境资源部
文化及观光部
7会：
科技委员会
海洋委员会
原住民族委员会
客家委员会
国家发展委员会
大陆委员会
性别平等委员会
5独立机关：
中央银行
金融监督管理委员会
公平交易委员会
中央选举委员会
国家通讯传播委员会
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