结构域
在蛋白质三级结构内的独立折叠单元。结构域通常都是几个超二级结构单元的组合。
结构域(StructuralDomain)是介于二级和三级结构之间的另一种结构层次。所谓结构域是指蛋白质亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域,又称为辖区。多肽链首先是在某些区域相邻的氨基酸残基形成有规则的二级结构,然后,又由相邻的二级结构片段集装在一起形成超二级结构,在此基础上多肽链折叠成近似于球状的三级结构。对于较大的蛋白质分子或亚基,多肽链往往由两个或多个在空间上可明显区分的、相对独立的区域性结构缔合而成三级结构,这种相对独立的区域性结构就称为结构域。对于较小的蛋白质分子或亚基来说,结构域和它的三级结构往往是一个意思,也就是说这些蛋白质或亚基是单结构域。结构域自身是紧密装配的,但结构域与结构域之间关系松懈。结构域与结构域之间常常有一段长短不等的肽链相连,形成所谓铰链区。不同蛋白质分子中结构域的数目不同,同一蛋白质分子中的几个结构域彼此相似或很不相同。常见结构域的氨基酸残基数在100~400个之间,最小的结构域只有40~50个氨基酸残基,大的结构域可超过400个氨基酸残基。结构域是蛋白质中的一类结构单元,是构成蛋白质三级结构的基本单元。
有些球形蛋白的一条肽链,或以共价键相连的两条或多条肽链在空间结构上可以区分为若干个球状的子结构,其中的每一个球状子结构就被称为一个结构域。
同一个蛋白的各个结构域之间是以肽链相互链接的,而链接两个结构域的绝大多数都是单股肽链,只有在极个别的情况下会有少数的双股肽链联系不同的结构域。在X-射线衍射实验绘制的电子密度图中,可以清楚地看到有些球状蛋白地的部存在一些裂隙,这些裂隙就是各个结构域之间的链接部分,结构域之间的链接虽然是松散的,但他们仍然属于同一条肽链,靠肽链链接这一点和蛋白质的各个亚基之间依靠非键相互作用维系结构有着本质的区别。
结构域在空间上具有临近相关性即在一级结构上相互临近的氨基酸残基,在结构域的三维空间结构上也相互临近,在一级结构上相互远离的氨基酸残基,在结构域的空间结构上也相互远离,甚至分别属于不同的结构域。
结构域与蛋白质完成生理功能有着密切的关系,有时几个结构域共同完成一项生理功能,有时一个结构域就可以独立完成一项生理功能,但是一个结构不完整的结构域是不可能产生生理功能的。因此结构域是蛋白质生理功能的结构基础,但必须指出的是,虽然结构域与蛋白质的功能关系密切,但是结构域和功能域的概念并不相同。分子式:
CAS号:
又称基元。蛋白质分子的一种折叠单位,是较大的蛋白质分子或亚基三维折叠中的一个层次或一种相对独立的三维实体。:一条长钓多肽链最后一步折叠就是结构域缔合(association),而成一个有活性的蛋白质分子或亚基。在一级(维)结构中的氨基酸序列的某些区域相邻的氨基酸残基形成有规则的二级(维)结构(如α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规卷曲等);然后再把相邻的二级结构片段集装在一起,形成超二级结构;在此基础上,多肽链再进一步折叠,或为近乎球状的三维(级)结构而成(一个)结构域。对于一个较大球状蛋白质分子来说,一条庞大的多肽链往往由两个或两个以上相对独立的三维实体缔合而成三维结构体。最常见的结构域约含有100~200个氨基酸残基,一般至少40个、多的可至400个以上;对于较小的蛋白质分子或亚基,“结构域”和“三级结构”往往是一个概念,也就是说,这些蛋白质是属于单结构域分子(如卵溶菌酶等)。从功能角度看,很多属于多结构域的酶蛋白,其活性中心都位于结构域之间,这是基于:(1)通过结构域容易构建具有特定三维排布的活性中心;(2)结构域之间常只有一段肽链相连,使域间容易发生相对运动,这将有利于活性中心结合底物或施加应力,有利于别构中心结合调节物和发生别构效应,以利于酶对反应的催化。
有些较大的蛋白质分子,经常组成两个或多个结构紧密的区域,这一紧密结构称为结构域。结构域是指在二级结构的基础上肽链进一步进行三维空间卷曲折叠所形成的近球形的肽链结构实体。它可以作为蛋白质三级结构的组件。生理上不具有任何生理功能,这也是与三级结构的关键区别。打个比方,结构域就想是一座桥联结二级与三级结构。
结构域实质上是二级结构的组合体,充当三级结构的构件。每个结构域分别代表一种功能。
α-螺旋型α/β型
全β-折叠型
无规卷型
对于较小的蛋白质分子或亚基来说,结构域和三级结构往往是同一个意思。它们属单结构域的蛋白质或亚基。
乳酸脱氢酶有2个结构域疫球免蛋白(Ig)有12个结构域[VL(轻链的变区)、CL(轻链的恒区)、VH(重链的变区)、CH1(重链的恒区1)、CH2(重链的恒区2)、CH3(重链的恒区3)各2个]。其中可变区决定了Ig的特异性,而Ig的其它生物学性质,如免疫原性、穿过胎盘、结合补体(或巨噬细胞的吸附)等作用则由恒区决定。免疫球蛋白结构域示意图1 免疫球蛋白结构域示意图2免疫球蛋白和抗体
裂隙/洞穴
形成:结构域之间的结构比较松懈,常形成裂隙或洞穴裂隙内有许多非极性氨基酸残基,因而是疏水的,不允许水分子进入,但能容钠蛋白质的辅基或酶的底物分子等。
意义:蛋白质的活性部位或变构结构部位多位于裂隙处。由于结构域之间连接的柔韧性,每个结构域可进行较大幅度的相对运动,使裂隙开放或关闭,便于蛋白质分子与其他分子之间的相互作用,故这些部位往往是活性中心所在的部位,或是变构物结合的部位。
模体(motif)即超二级结构,简言之,就是二级结构有规律的组合。例如螺旋-环-螺旋,贝塔折叠的组合、阿而法螺旋组合等。再比如亮氨酸拉链、锌指结构都是典型的模体,它们执行一定的功能,即模体即是结构的单位,又是功能单位,他们可直接作为结构域和三级结构的建筑块。某些蛋白质因子与DNA大沟结合的部位靠的就是某些特异的模体。
结构域(domain)是指在较大的蛋白质分子中形成的某些在空间上可以辨别的结构,往往是球状压缩区或纤维状压缩区。它们也既是结构单位,又是功能单位。例如免疫球蛋白的功能区就是结构域。
显然模体与结构域是不同的概念。
蛋白质
蛋白质结构
功能域
1.http://www.smkx.bztc.edu.cn/jpkc/biochem/biochem1/htm/134dot2.htm
2.http://www.medkaoyan.net/myforum/printthread.php?t=12079
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