1873年，美国马里兰州巴尔的摩市银行家、教友派教徒约翰·霍普金斯去世时，留下了一笔当时价值700万美元的巨额遗产。遵照他的遗嘱，其遗产分别捐赠给以他名字命名的大学和医院。1875年，其财产托管人在巴尔的摩市中心的霍华德大街购买了第一块地皮，以此作为未来的大学校园。1876年2月22日，正式创立约翰·霍普金斯大学。
约翰·霍普金斯大学的学术机构按地理分布可分为以下几类：
大学系统：文理学院（建于1876年）、怀廷工程学院（建于1913年、重建于1979年）、进修学院（1909年）、医学院（1893年）、卫生与公共保健学院（1916的）、护理学院（1889年，重建于1983年）、皮博迪音乐学校及其预备学校（前者建立于1857年，后者建立于1977年）。保健系统：约翰·霍普金斯医院、弗朗西斯·斯科特·基医疗中心，霍姆伍德医院中心、约翰·霍普金斯健康计划，霍普金斯医疗优先网络。
霍华德县应用物理实验（建于1942年）、进修学院哥伦比亚中心。
蒙哥马利且约翰·霍普金斯蒙哥马利县中心。
华盛顿特区保罗·尼采高级国际问题研究院。
意大利波伦亚的欧洲研究中心、佛罗伦萨的意大利研究中心。
中国霍普金斯枣南京大学中美研究中心。
大学附属机构还有：约翰·霍普金斯大学出版社和国家外国语中心等。
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