清末设立福建船政后，随着福建船政制造厂和船政学堂的不断发展，马江附近的军港设施日益健全、船政制造的军舰和培训出的海军人才也渐成规模，清同治五年(1866)，清政府命沈葆桢总理船政事务，统管造船厂和前后学堂、水师营。在连续建造3艘军舰后，经船政大臣沈葆祯奏请批准，将福建船政的军舰编成舰队，设轮船统领统一管理，首任轮船统领由原福建水师提督李成谋担任（福建水师与福建船政水师并不是一个概念，前者指的是福建省的旧式水师，就如同安徽水师、江南水师等），并制定《轮船训练章程》12条。同治十三年(1874)，福州船政局拥有的舰船已初具规模,有万年青、湄云、福星、伏波、安澜、镇海、扬武、飞云、靖远、振威、济安、永保、琛航、大雅等14艘，又从国外购得海东云、长胜、建威3舰，共有17艘军舰。经过数年发展后，至第三任轮船统领彭楚汉时，清廷为加强台海防务，于1879年7月4日颁上谕，清政府诏令闽局轮船先行练成一军，福建水师宣布成立。到中法战争前，福建船政水师已经成为中国吨位最大的一支舰队。在1884年8月22日爆发的马江海战中，船政水师几乎全军覆没，从此再未能恢复往日气象。