漳州南山寺南山寺规模宏大。进五个并列的大门为天王殿，殿中奉祀一尊笑迎八方来客的弥勒大佛像，两旁分列四大天王（也称四大金刚）高大南山寺规模宏大。进五个并列的大门为天王殿，殿中奉祀一尊笑迎八方来客的弥勒大佛像，两旁分列四大天王（也称四大金刚）高大形象。
过了天王殿便是大雄宝殿，正中供奉“三宝佛”（三尊），是来代修建寺院时重塑的，其特征是两个耳朵下端成尖形。
大雄宝殿的左侧有一个石佛阁，称“净业堂”，阁中有一巨大的石笋，聘请石匠名师把它雕成弥陀佛像。佛像连莲花座高达一丈六尺，造型优美，俗称大石佛。大雄宝殿的左角悬挂一口直径三尺八寸，高五尺六寸，重1300多市斤的大铜钟。它本是唐朝铸造，元朝延佑六年(1319年)扩建寺院时重新铸造，钟上有元朝住持僧右愚的题铭。
石佛阁的右邻是德星堂，俗称官房，原是供来客住宿的。1930～1931年间，陶铸任闽南特委书记时曾住在这里，特委机关就在这寺内领导革命。
大雄宝殿后面高坡上的右端是藏经阁，内珍藏六十厨经文，其中有无价之宝血书《华岩经》，相传是明天启年间寺僧融（一说雄）和莲山及尼姑莲三人用三年时间刺血合写而成，笔法端秀，字迹显出金黄色，共八十一卷。可惜在“文革”时受破坏，仅存残页。阁中还供奉一尊白石佛，是用纯白色大理石雕琢而成，高六尺，重四千公斤。因光洁如玉，被称为玉佛。据查是清光绪三十年（1904年）住持僧妙莲法师从缅甸募化而来。这种白石佛全国只有三尊，一在北京团城（一说围城），一在上海玉佛寺。
高坡上的左端是陈太傅祠，据传是当年陈邕故居，后人改建为祠，供奉陈太傅塑像，后像被毁。
太傅祠后面有楼，现称“小姐楼”，又称“姑娘楼”，传说为金娘当年的闺房。金娘小姐削发为尼之后，曾受皇上封为金花郡主，其墓原在寺后山上，人称“姑娘墓”，解放后因五个工厂需要共建一座自来水池，把姑娘遗骸移葬在致经阁后园中，修建新墓，立碑曰：“唐浩封金花郡主玄妙之墓””（玄妙是金花郡主的法号），为游客所瞻仰。
大石佛、白玉佛、大钟、血书《严华经》、御赐《致经》（贝叶经）合称南山寺五宝。