海峡两岸关系协会是于1991年12月16日在北京成立的社会团体法人。
《海峡两岸关系协会章程》规定，海协会以促进海峡两岸交往，发展两岸关系，实现祖国和平统一为宗旨。为实现上述宗旨，海协会致力于加强同赞成本会宗旨的社会团体和各界人士的联系与合作；协助有关方面促进海峡两岸各项交往和交流；协助有关方面处理海峡两岸同胞交往中的问题，维护两岸同胞的正当权益；接受大陆有关方面委托，与台湾有关部门和授权团体、人士商谈海峡两岸交往中的有关问题，并可签订协议性文件。
海协会最高权力机构为理事会，理事由社会各界和有关方面推荐、协商产生。理事任期三年，可连任。
海协会设会长一人，常务副会长一人，副会长若干人，秘书长一人。海协会可聘请名誉会长和顾问。
理事会每年举行一次全体会议；会长、常务副会长认为必要或经三分之一以上理事提议，可以临时召开理事会议。
会长、常务副会长、副会长、秘书长组成常务理事会，作为理事会的常设执行机构。
海协会办事机构现设秘书部、研究部、综合部、协调部、联络部、经济部。
海协会成立迄今共组成过两届理事会，第二届理事会现有理事222名。
2008年6月3日，海协会第二届理事会第一次会议推举陈云林为海协会会长，聘请张克辉、林丽韫为顾问，推举郑立中为常务副会长、孙亚夫为执行副会长、李炳才为驻会副会长，推举王富卿、王在希、安民、张铭清为副会长。根据会长提名，决定李亚飞为秘书长。2009年4月，经海协会常务理事会讨论同意，海协会执行副会长由李亚飞担任，并继续兼任海协会秘书长。
海峡两岸关系协会章程
(1991年12月16日通过)
第一章 总 则
第一条 本会定名为海峡两岸关系协会，是社会团体法人。
第二条 本会以促进海峡两岸交往，发展两岸关系，实现祖国和平统一为宗旨。
第三条 为实现上述宗旨，本会致力于：
一、 加强同赞成本会宗旨的社会团体和各界人士的联系与合作。
二、 协助有关方面促进海峡两岸各项交往和交流。
三、 协助有关方面处理海峡两岸同胞交往中的问题，维护两岸同胞的正常权益。
第四条 本会接受有关方面委托，与台湾有关部门和授权团体、人士商谈海峡两岸交往中的有关问题，并可签订协议性文件。
第五条 本会会址设在北京。
第二章 组织机构
第六条 本会最高权力机构为理事会、协商产生。理事任期三年，可连任。
第七条 本会设会长一人，常务副会长一人，副会长若干人，秘书长一人。
本会聘请名誉会长。
本会聘请顾问。
第八条 理事会的职责是：每年度会务报告；修订章程；每年经费预算、决算；推举会长、常务副会长、副会长；聘请名誉会长；聘请顾问；决定增免理事；根据会长提名，决定秘书长人选。
第九条 理事会每年举行一次全体会议。会长、常务副会长认为必要或经三分之一以上理事提议，可以临时召开理事会议。
第十条 理事会决议事项，须经出席会议的多数理事通过。
第十一条 会长、常务副会长 、副会长、秘书长组成常务理事会，作为理事会的常设执行机构。 常务理事会的职责是：召集理事会会议；增免理事，并提请理事会审议追认；根据秘书长提名，决定副秘书长人选。
第十二条 会长领导本会工作。常务副会长、副会长协助会长工作。常务副会长主持日常会务。
第十三条 会长、常务副会长、副会长代表本会。经本会常务理事会授权，理事可代表本会办理某项具体事宜。
第十四条 本会根据需要设办事机构。
第三章 经 费
第十五条 本会经费来源：民间赞助和捐赠；国家资助；咨询服务等其他合法收入。
第十六条 本会的收入、支出，受理事会监督。
第四章 附 则
第十七条 本会的解散，应依法办理手续。
第十八条 本会章程自理事全体会议通过之日起生效。
第十九条 本会章程由理事会修改。理事会全体会议修改章程，须四分之三以上理事出席，并须出席会议的三分之二以上理事同意。
第二十条 本会章程由常务理事会解释。[1]
陈云林海协会首任会长为汪道涵（1991年－2005年），荣毅仁曾任海协会名誉会长。2005年12月24日汪道涵病逝后，会长的职位空缺至2008年6月3日。2008年6月3日，陈云林任会长。
历任常务副会长为唐树备、李炳才、郑立中；历任秘书长为邹哲开、张金成、李亚飞。
现任会长为陈云林（2008年－） 。[2]
地 址：北京宣武区广安门南街6-1号（北京2908信箱）
邮 编：100053
职 能：依照海协指示，加强同赞成海协宗旨的台湾及海外社会团体和各界人士的联系与合作；为台湾同胞、工商团体和各界人士提供两岸交流交往、经贸合作等方面的联络、咨询等服务；协助办理维护两岸同胞权益的事项；办理海协及其主管部门交办的其他事项。
地 址：澳门佛山街51号新建业商中心大厦18层G座 [2]