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南京在元末与明代的旧称。元至正十六年（1356），朱元璋攻克建康，将建康改为应天府，治所仍为上元、江宁，辖境还包括句容、溧水等县，明初定都于此，永乐十九年改称南京，清初将应天府改称江宁府。
应天府小说中应天府、江宁府同时出现，是作者故意用“半古半今”来混淆时空概念的一种手法。
宋代应天府治在今河南省的商丘市。
元代明初应天府治在南京。
南京≠金陵≠应天府
南京是个古代地名，但在不同的朝代里，所指的地方也不相同。“南京”一词最早出现在唐代。唐代的都城是长安，因为有陪都制度，所以除长安之外，又设了东、西、南、北四京：东都洛阳，西京凤翔，南京成都、北京太原。而这个制度仅仅存在于一定的历史阶段。《旧唐书•肃宗纪》说：“（至德二载，即公元757年）十二月，改蜀郡为南京，凤翔府为西京，西京（长安）改为中京。”李白有《上皇西巡南京歌》十首。为什么要改名呢？就凤翔府来说，是由于它在长安之西，为京师的西部重镇。而成都是唐玄宗临时避难之处，沾了“皇恩”，它的身价自然也就高了。清人王琦注李白此诗说：“上皇天帝至自蜀郡。戊午大敕，以蜀郡为南京。蜀地于天下近西，而谓之南京者，以其在长安之南故也。”至于北京太原，那是高祖李渊起家的老巢，又是北方要塞，定为陪都，不难理解。
宋代的情况又不一样了，宋太祖赵匡胤定都于汴京（今河南省开封市），这个王朝继承了前朝的陪都制度。但由于其政治、经济、文化中心已转移到中原腹地，所以再选陪都，其标准和地点当然不可能同于前朝，陪都也只设三个，即北京、南京、西京，京师开封府自为东京。宋朝的南京为应天府，因为此地是赵匡胤起家之处，所以宋真宗大中祥符七年（公元1014年）建为南京。既是升了格，其规模制度也就随之排场起来。《《宋史•地理志》一说：“宫城周二里三百一十六步。门曰重熙、颁庆，殿曰归德。京城周回一十五里四十步。”确实有大都市的气派了。又据《宋史•地理志》载，西京河南府（今河南省洛阳市）自宋朝开国便建为陪都；北京大名府（今河北省大名市）建于宋仁宗庆历二年（公元1043年），因为此地是宋真宗当年巡幸之处，这与唐代南京的情况有点相似。
除了唐、宋两代，中国历史上还有一些割据政权的版图上也有“南京”，如北宋灭亡后，金人占领了开封府，金主完颜亮改开封府为金国的南京。又如：辽国以辽阳（今辽宁省辽阳市）为南京，元代在开封设南京路，也称开封为南京。高了明代，朱元璋定都于原元代集庆路，改为应天府，明成祖朱棣迁都到今天的北京，为了表示对祖上的功业竞竞不忘，于正统六年（公元1441年）改应天府为南京。从此，南京这个名称才开始实指今天的江苏省南京市，至今没有再改。而今天的南京在历史上确又有不少别的名字：春秋战国时叫金陵，王莽新政时叫宣亭，三国吴叫建业，晋代叫建康，隋代叫江宁，唐代叫升州，五代十国时为南唐首都，叫西都。同样的道理，应天府在宋代指商丘，在明代指南京，这是取《周易•革卦》中“汤武革命，顺乎天而应乎人”之义，以求大业永垂不朽。
