据台湾报纸称，孙被革职法办的主要原因是，孙兼任“台湾防卫总司令”及“陆军总司令”，其兵权仅次于陈诚，成为蒋经国插手军队控制军权的一大障碍，加之孙被视为蒋军中的“亲美派将领”，与美关系密切，蒋担心他拥兵自重，在美国指使下另有图谋，对蒋氏父子统治不利，因而急欲去之。
自缅甸抗战以来，孙立人战功卓著，广受瞩目，然而对于蒋介石来说，孙虽是良将，但并非“黄埔系”，甚至连国民党员都不是，因而始终都不为蒋介石完全信任，从未被委以重任。
更为重要的因素是孙立人与美国的良好关系，孙立人早年留美，后又在缅甸与美军共同对日作战，被美方任命为前敌总指挥，甚至被授权指挥美军工兵和支援之美国空军。二战胜利后艾森豪威尔邀请孙立人参观欧洲战场，蒋介石竟然质问孙立人：“艾森豪威尔邀请你，为什么不邀请我？”由此可见蒋对孙的不满和猜疑。
而蒋在内战中的不佳表现，也令美国更加属意能力突出、有美国教育背景的孙立人，欲以孙取代蒋。根据美国解密档案，1949年初，美国国家安全会议经多次讨论，确定了“弃蒋保台”的对华政策，而孙立人，无疑是美方重点考虑的人物。
1949年2月12日，美国远东最高统帅麦克阿瑟将军派其少将副官专程赴台，邀请正在台湾负责练军的孙立人飞往东京，共商防卫台湾大计。麦克阿瑟暗示孙立人说：“我们不能让台湾这艘'不沉的航空母舰'落到共产党的手里，所以有意请阁下负责巩固台湾，而由我们美国全力支持。”
但孙立人不为所动，再三表示：
“我忠于蒋介石，不能临难背弃。台湾军队悉由蒋介石指挥。陈诚（时任东南行政公署长官，坐镇台北）也是听命于蒋介石的。”而且他还表示：“我只会打仗，不会搞政治，不会领导反共”，要美国继续支持蒋介石。
回到台湾之后，孙立人将此行如实向陈诚汇报，并请转达蒋介石。
然而，孙的光明磊落并没有换来蒋的信任，反而更加剧了蒋的不安。只是碍于台海危机情势，加上美国人的情面，蒋介石不得不重用孙立人以防卫台湾，并利用他与美国的良好关系争取美援。蒋介石在自己的日记里记载，他并非不愿意用孙立人，但是“吴（国桢）、孙（立人）屡屡挟外（美国）自重”，从1949年5、6月间美驻台领事艾嘉致国务卿的7封电报可知，孙立人对美国外交官一直埋怨陈诚故意雪藏他，以至于他有职无权，他希望军民分治，又说台湾形势发展到人心思变的地步，还抨击陈诚等人落后时代50年等。身为军方要员，向外国官员谩骂本国政府，自然是越轨之举。
1950年3月17日，蒋擢升孙为陆军总司令兼陆军训练司令，三天后又加台湾防卫总司令，并许诺未来晋升其为三军总参谋长。一时间，孙立人成了蒋身边炙手可热的人物。但就在孙立人就任陆军总司令的同时，掌控台湾情治机关的蒋经国已经在蒋介石的授意下，将特务网络渗透至陆军总司令部。
3月23日，就在孙立人被任命为陆军总司令不到一周时间后，他的英文秘书黄正，以及黄正的姐姐陆军训练总部干部黄珏，便被蒋经国以莫须有的“泄露军机”罪名逮捕，判刑十年。接着，孙立人的旧部属李鸿、陈鸣人、彭克立等人也以“匪谍”罪被拘捕。
6月底，朝鲜战争爆发，美第七舰队协防台湾。这对岌岌可危的蒋介石来说，无疑是打了一剂强心针，台湾安全可保，孙立人的作用大加削弱。
1951年3月27日，蒋介石正式派遣蒋经国进驻陆军总司令部，组建陆军总司令部政治部，这等同于给孙立人派了一个监军。孙立人处处为蒋经国掣肘，成了有名无实的陆军总司令。
1954年，“美台共同防御条约”签署，台湾被正式纳入美国在远东的防卫圈中，台湾的安全得到极大的巩固。对于蒋介石来说，此刻的孙立人不但没有任何用处，相反还是威胁，尽管孙已经没有什么实权了。
这一年6月，孙立人被调任“总统府”参军长，明升实贬，彻底被解除了兵权。然而这还并不意味着结束，一场更大的阴谋正在酝酿当中。
1955年5月25日，在蒋的授意下，毛人凤将孙的旧部、步兵学校少校教官郭廷亮以“匪谍”为名逮捕，由此拉开又一拨整肃高潮，一周之后，台湾南部又爆发了所谓“兵谏案”。不到一个月的时间内，被拘捕的孙立人的旧部达到300多人，意在通过这些下属来寻找打击孙立人的突破口。
郭廷亮被捕4天后，蒋介石还故作无事地召见孙立人，据孙回忆：
“一九五五年五月廿八日上午十时正，'总统'召见我，第一句话问我近来看什么书？我回答：'看《南宋史》。'他说：'那很好，很好。'他接著说：'你没有什么，你以后少跟政客们来往。'我回答他说：'是的，我一生最讨厌玩政治和与政客打交道。'他随即说：'这次我要把你给孤立起来。'同时他面色变得很难看（气愤），随即又回转微笑（不自然的）说：'你对于训练部队很好，不过打仗不行。
我当时听了他这话，几乎迷惑了。真是使我啼笑皆非，不知从何说起。我当时直言以对：'不然，将不知兵，何以为战？盖兵战实为一体两面，而不可分离。窃职总发从军追随钧座卅余年，转战国内外大小凡百余战，从未辱钧命，而攻无不克，战无不胜，守无寸土之失。殊不知钧座所言'打仗不行'何所指也？若言争权夺利，欺世盗名，则我不屑也。'言毕敬礼而退。未想到这竟是最后一次的见面。”
面对山雨欲来，谣言满天，许多人劝孙立人尽速出走，但耿直的孙立人自认问心无愧，不为所动。而此时已被逮捕的郭廷亮，被押往高雄凤山审讯，政工干部要他承认有谋叛意图，逼他交出孙立人的所谓兵变计划。郭廷亮自然严词拒绝了这些子虚乌有的问题，于是遭受严刑拷打。他不为所动，坚持不承认有谋叛企图。眼看一招不成，保密局特勤室主任毛惕园又策划出一计。先是将郭的妻儿也关入监牢。然后他与毛人凤共同导演，劝郭廷亮写自白书承认自己是“共产党的间谍”以此来换取早日释放，并且谎称保证出狱有工作，不会牵连孙立人。在威逼利诱之下，郭廷亮写下了“自白书”。接着办案人员拿着这份“自白书”去威胁其他涉案人员，几经反复，终于有了几十份令他们满意的“自白书”。自此郭廷亮“匪谍”案和南部“兵谏”案便告坐实，扳倒孙立人已是箭在弦上。
8月3日，“总统府”局长黄伯度带着上述“自白书”来到已被宪兵包围的孙立人官邸，要其引咎辞职。孙立人知道其中必定有诈，断然拒绝。黄又透过其部下陆军副总司令贾幼慧，以及孙的侄子孙克刚等，转达“上面”坚决整顿孙立人旧属的立场，要孙立人顾全300多名部下的性命。自知回天乏术，孙立人无奈写下一份简短辞呈。然而这份辞呈并不能令上面满意，反复几次，写出了一份“符合要求”的辞呈。
8月20日，“总统府”发布“彻查令”，10月23日，歪曲事实的报告出炉，结论是：孙的部下郭廷亮“为中共工作”，利用孙的关系在军中联络军官，准备发动“兵谏”，孙未及时“举报”亦未“采取适当防范之措施”，“应负责任”。郭廷亮被判处无期徒刑，先在绿岛监狱服刑，假释后，却发生了在火车上跳车身亡的离奇“意外”。
1955年6月24日，蒋介石免去了孙立人国民党军队“陆军总司令”职务，将其改任“总统府参军长”，随之又将孙秘密拘捕。8月20日，蒋以“纵容”部属武装叛乱，“窝藏共谍”、“密谋犯上”的罪名，革除了孙的“总统府参军长”的职务。指定陈诚、吴忠信、许世英、俞鸿钧、何应钦、黄少谷、俞大维、王云五、王宠惠等9人组成孙立人案“调查委员会”，对孙进行“审查”。10月31日，“调查委员会”公布上了长达1.6万余字的“调查报告”，罗列一系列罪过。蒋随即下令将孙立人软禁。
孙被拘禁后，其部属亲信一一被调离军职或遭查办，除刘凯英脱逃外，其余如郭廷亮、江云锦、陈良埙、李成亮等在事发前后，均分别被捕入狱。
孙立人被剥夺军权、遭到软禁这一事件，对国民党及蒋氏父子的形象损害至深。蒋经国死后，孙本人、株连者及其亲友向国民党当局提出“伸冤”、“平反”的强烈要求，对台湾政局产生相当冲击。在各方舆论压力下，台当局实际上已允孙有了某种自由，并准许公开露面。
对于被免职的孙立人，蒋氏父子采取“不杀、不审、不问、不判、不抓、不关”，但也“不放”的“七不”政策。1956年6月，孙立人被逐出台北市南昌路官邸，迁往台中市向上路一段18号居所，开始了漫长的软禁生涯。
孙的居所原为军方宿舍，四周筑有围墙，戒备森严，门前向上路两头堵死，由“国防部”派来的6名“保卫人员”日夜监视，外人不得入内，孙立人和家人也不能随便外出。孙的任何活动，包括打电话，都须通过“保卫人员”向上请示，得到允许后方可进行。孙立人外出，由“国防部”派车，另外，加派一辆吉普车跟随。孙家围墙外，有军事情报局加盖的一栋三层楼的指挥中心，居高临下，随时监视孙的一举一动。凡是“上头”认为“不方便”的事，孙立人均不得擅自去做。外出也必须“保卫人员”“陪同”前往。当时，蒋介石对孙立人看管极严，连孙立人的厨子身上都藏着刀，只要有人想救孙立人，立马一起干掉。
幽居的日子里，家人成了孙立人最大的安慰。孙立人与张梅英前后生育四个孩子，他以“中国安定，天下太平”为儿女命名。儿女多了，开销也变大。孙为官清廉，并无积蓄，幽禁之后又不给薪水，生活十分拮据。早在他担任陆军总司令时，家里就十分清贫，菜金要限制，若来人添菜，只有咸蛋、炒蛋或皮蛋，家人背后称为“三蛋轰炸”。张梅英回忆说：“后来四个孩子长大了，进学校读书，每天要带便当，没钱买米，四个孩子只能分三个鸡蛋吃。”
孙立人也尝试在家养鸡、养鸟，养猪，开辟果园，后来改种玫瑰，他虚心向花农请教，悉心栽培，广受欢迎，被称为“将军玫瑰”。家中有时缺少菜钱，他便到后院剪些玫瑰花，由张梅英骑自行车送到菜市场，交换一些青菜豆腐。粗茶淡饭，一家倒也其乐融融。
孙立人是安徽舒城人，毕业于清华大学，被保送到美国印第安纳州的普渡大学学习，获得工程学士学位。以后，又入弗吉尼亚军事校学军事，与美国的马歇尔将军为先后同学。回国后，先后任陆海空军司令部副持卫长、税警总团特种兵团团长、三十八师师长、新一军军长、长春警备司令等职。参加过“八·一三”上海抗战；曾率军远征缅甸，在滇缅边境的仁安羌战斗中救出被围英军，反攻缅北时再立战功，被誉为“东方的隆美尔”，获英国皇家勋章。
抗战军兴，孙立人参与淞沪会战，在苏州河一线的阻击战中身先士卒，为炮弹所伤，身受13处重伤，昏迷3天。后率部加入中国远征军入缅作战。仁安羌一役，他以一团兵力力战数倍日军，歼敌一个大队，解7000英军之围，获英王乔治6世授予“帝国司令”勋章，为获得此勋章的外籍将领第一人。两次中缅印战役，孙立人和他的新一军战绩彪炳，歼灭日军3万3千人，成为率军级单位歼灭日军最多的中国将领，自此声名鹊起，被欧美军事家称作“东方隆美尔”。
1947年调台湾任编练司令，负责新兵训练。1949年7月，被任命为东南军政长官公署副长官兼台湾防卫司令。1950年3月，升任为“陆军总司令兼保安总司令”。1951年晋升为陆军二级上将。
孙立人仕途虽然比较顺利，因他为英美派人物，但他也饱受嫉妒倾轧之苦，他非黄埔嫡系，与“参谋总长”周至柔、“海军总司令”桂永清、“空军总司令”王叔铭矛盾重重，更得不到蒋家父子的信任。他崇尚西方军事思想，抵制国民党的治军方法，反对蒋经国在军中建立“政工制度”，反对加强特务统治；对蒋介石“对攻大陆”的说法也不以为然，主张“先将台湾搞好再说”。这些导致他与蒋氏父子的矛盾加大。
蒋介石退台之初启用孙立人，其实是利用他的影响寻求美援。后形势缓和后，孙的作用明显减弱，而他坐镇“陆军总司令部”，对蒋经国势力扩张妨碍甚大。因此，蒋介石打算在孙立人两任期满时的1954年将其免职。孙立人察觉后，想建立自己的势力圈，但效果不明显。1954年6月，孙立人被免去“陆军总司令”之职，调任有职无权的“总统府参军长”。1955年6月，台湾盛传孙立人的老部下郭廷亮、江云锦等预谋在蒋介石阅兵时发动“兵谏”。国民党特务系统立即行动，逮捕了郭廷亮等103名官兵，孙立人也被侦讯。8月3日，孙立人向蒋介石签署“辞职书”。8月21日，蒋介石下令免除孙立人“参军长”职务，并组织人调查“兵谏”案。两个月后，“调查委员会”做出结论，指责孙的部下郭廷亮“为中共工作”，利用孙的关系在军中联络军官，准备发动“兵谏”，孙未及时“举报”，亦未“采适当防范之措施”，“应负责任”。
蒋介石最后以“纵容部属武装叛国、窝藏匪谍密谋犯上”的罪名，将孙立人送往台中软禁。这就是“孙立人事件”，亦称“孙立人兵变”，直到1988年5月，孙立人才被解除软禁。
性格
孙立人长期接受美式教育，而且个性孤高自傲，一贯不耻官场的相互倾轧、阿谀逢迎，对于蒋经国的政工系统就更为厌恶。而且作为一个职业军人，孙并没有太多的政治权谋，不善协调各方关系，胸无城府，这也使他与蒋经国及黄埔系将领关系日渐紧张。江南（刘宜良）在《蒋经国传》中提到：“孙是个非常优秀的带兵官，但是位很坏的领袖。讲人际关系，他和他的同僚几乎没有人可以合得来。任陆军总司令期间，每周军事汇报，从来未准时出席，其理由非常可笑：他不愿向周至柔总长敬礼，迟到即可避免，因为总统已经在场。”甚至连蒋经国向他拜年，他都不见。
孙立人和吴国桢事件中的吴国桢都是国民党内部权力斗争和蒋氏建立独裁统治的牺牲品。