关塔那摩监狱是美军2002年1月在关塔那摩基地建立的一座监狱，由于关塔那摩基地三面临海，一面有重兵把守，并且有仙人掌和灌木形成的天然屏障，囚犯脱逃和外来者闯入的可能性很小。关塔那摩监狱最只是临时关押囚犯，但美国军方逐渐将这个临时关押囚犯的场所改建成了一个长期使用的监狱。阿富汗战争后，美国将大批基地组织和塔利班成员关押于此。
美方认为他们是“非法战斗人员”，不是战俘，因此不享有《日内瓦公约》所规定的任何权利。随着美军一系列虐囚事件曝光，关塔那摩监狱的恶劣状况受到国际社会的广泛关注。联合国与世界多国政府曾多次呼吁美国政府关闭关塔那摩监狱。奥巴马在2009年1月上任后即表示，要在1年内关闭因虐囚丑闻而臭名昭著的关塔纳摩监狱，但他却未能遵守这一诺言。至今（2012年4月）美国政府仍然不肯关闭关塔那摩监狱。
关塔那摩监狱关塔那摩 (Guantanamo) 是古巴的一个省，位于古巴东南部，省会关塔那摩市，是重要港口城市。1898年美西战争时期，美国海军就进入这个天然良港，并在此建起基地。
1959年古巴革命胜利之后，古巴政府一直反对该军事基地的存在，并拒绝接受美方租金，要求美国军队撤出关塔那摩。
2001年美国发生“9.11”事件后，美国认定藏匿在阿富汗并受到塔利班庇护的本·拉登是“9.11”恐怖事件的主谋，因而于当年10月7日起对阿富汗实施大规模的军事打击。
2002年1月，美军在关塔那摩基地内建立了一座监狱，即关塔那摩监狱，将抓获的大批“基地”组织和塔利班成员关押于此，并把他们列为“敌方战斗人员”，拒绝给予他们《日内瓦公约》规定的战俘权利。
2009年12月15日，美国政府宣布一项计划，打算把美军古巴关塔那摩基地监狱的一些在押囚犯转移到美国本土伊利诺伊州一所监狱。
2011年3月7日，为了增加制裁恐怖分子的手段，加强对美方司法程序的监督以确保恐怖嫌疑人受到人道主义对待。美国总统奥巴马签署行政命令，重新启动美军关塔纳摩监狱军事法庭的起诉程序。在此之前，这一程序已暂停两年。除了重启军事法庭起诉程序，奥巴马还在行政命令中规定，美国政府将定期审核未获起诉，遭无限期关押的囚徒威胁程度。如果判定他们对美国仍然构成威胁，美国将继续关押他们；但如果判定他们不再具有威胁，美方将寻求合适地点释放他们。但这些囚徒将不会在美国本土被释放。
2006年2月16日，联合国调查人员公布一份报告，指出关塔那摩的美国海军基地监狱中存在虐囚行为，呼吁美国政府关闭关塔那摩监狱，并公平审判或者释放在押人员。时任联合国秘书长安南随后也敦促美国政府根据联合国的有关报告，尽快关闭关塔那摩监狱。包括英国在内的美国盟友也纷纷敦促美国政府尽快关闭该监狱。
2009年1月，美国总统奥巴马上任之初就签署一道总统令和三道行政命令，全面改革美国对待恐怖犯罪嫌疑人的政策体系，包括在一年内关闭关塔那摩监狱、重新评估现行审判恐怖犯罪嫌疑人的制度以及禁止对恐怖犯罪嫌疑人使用酷刑。
2009年2月，奥巴马发表全国电视讲话，重申了关闭古巴关塔那摩基地监狱的立场。10月15日，美国众议院批准美国政府将被关押在古巴关塔那摩美军基地监狱的囚犯转移到美国本土接受审判，但禁止关塔那摩囚犯在其他情况下踏上美国土地。
截至2009年11月，该监狱仍关押着约215名囚犯，其关闭计划的实施遇到立法和资金等方面的制约。美国总统奥巴马首次明确表示，美国将无法如期在2010年1月关闭古巴关塔那摩美军基地监狱。[1]
D营
该营为中心最主要拘押营，内设1号、2号、3号、4号、5号、6号、7号营。
大部分囚犯被关押在一、二、三营，他们穿着橙色囚服，关押在警卫森严的单人牢房里，牢房地面上画有一个箭头，指明了麦加的方向。比较顽固的囚犯每天只有30分钟的放风时间，而那些合作的囚犯被转移到监管较松的囚室，这里是被美军称做“希望之国”的第四区。他们穿白色囚服，与其他囚犯吃睡在一起，每天有9个小时的放风时间。而被美军判定属于最危险的人则关押在第五营里。[1]
耗资1600万美元建成的五号营于2004年5月投入使用。营区主体建筑为一栋两层四翼结构的楼房，楼内有近100间牢房，每个楼翼都有盥洗室、浴室和文化活动室。楼翼间区域为铁丝网隔开的约40平方米的户外活动区。该营囚犯每天可在户外活动4小时。
从五号营出来，需通过两道装有电磁感应安全装置的铁门方可进入六号营。于2006年11月投入使用的六号营耗资3700万美元建成，可同时关押160名囚犯，内设门诊和牙科，使囚犯在营区便可直接接受治疗，六号营号称是关塔那摩拘押中心硬件设施最先进的单体拘押设施。
7号营主要关押重犯并保持最高级别警戒。
鬣蜥营
“鬣蜥营”被用来暂时关押待释囚犯。
X射线营
已闲置多年。[2]
医院
拘押中心医院紧挨着四号营。医院内设19张病床，并可以根据实际需要将床位扩至30张。此外，医院配有诊室、放射室、手术室和药房，能够向囚犯提供外科、内科、牙科和心理咨询等全天候的治疗服务。医院的重症监护病床被设置在两个“铁笼”内。
图书馆
图书馆为囚犯准备有包括英语、阿拉伯语、普什图语、乌尔都语等18种语言在内的约1.4万册图书、期刊和杂志，三种日报，以及300多盘DVD影视剧，工作人员和看守定期根据囚犯的具体要求将文化读物直接送到他们手中。[2]
2004年无罪释放的三名英国人宣称，营中美军对囚犯实施持续不断的拷问、性虐待、强行注射药品和宗教迫害等暴行。三人发布了115页的卷宗详细描绘这些指控。他们同时也谴责英国当局知晓此事但没有干预。这些人的声明得到两位法国前囚犯、一位瑞典前囚犯和一位澳大利亚前囚犯的支持。而美国海军部长戈登·英格兰回应道，一位海军总监察长已经对关塔那摩基地的情况进行了调查，结论是“执行过程都是高标准的”。
2004年11月30日，《纽约时报》发表了美国政府泄漏出的一份内部备忘录中的，内容是国际红十字会的一份报告。报告中称一些行为“等同于严刑拷问”：用大声的噪音或音乐刺激囚犯，将囚犯置于长时间的非正常温度环境中，还有殴打等。
2005年5月31日，美国总统乔治·沃克·布什对国际特赦组织发布的一份最新人权报告进行抨击。报告指出在关塔那摩和其他美军监狱中有持续不断的虐囚行为，批评此监狱就像“当代的古拉格集中营”（the gulag of our times），而小布什回应称此报告“荒谬”（absurd）。布什发表评论的同一天，美联社又发布另一篇报道，指出阿富汗部落族人告发所谓的恐怖分子实际上是另有目的：要把他们卖给美国人，赏金从3000到25000美元不等，而在军事法庭上囚犯证实此说法。因为美联社之前依据《信息自由法》提起过诉讼，使美国政府不得不发布相关记录，报道的内容就是来源于此。
2007年1月2日，联邦调查局解密的文件说，其雇员报告目睹了关塔那摩26起虐囚事件。
2005年5月9日一期的《新闻周刊》披露了美军在关塔那摩基地中为了迫使嫌疑犯招供，将《古兰经》冲入抽水马桶的事件。由于曾有嫌疑犯提出类似指控，此文一经刊发便在广大穆斯林中引发了强大的反美情绪，阿富汗、巴基斯坦等地接连爆发大规模示威活动，抗议美军亵渎《古兰经》，活动中已有多人死亡。事后，杂志迫于各界强大压力，做出了“此文可能不属实”的声明并收回原文。5月18日，白宫更公开批评这一报道严重损害了美国的国际形象。
但6月3日，美军公布了五起士兵粗暴对待古兰经的事件：包括一名士兵故意脚踢古兰经；审问官脚踩古兰经；一位看守通过排气管撒尿，溅到一名囚犯和其古兰经上；看守投掷水气球，弄湿多本古兰经；以及在一本古兰经内页用英语书写一个淫秽词等。白宫和五角大楼事后对此报道封锁消息、刻意避免张扬。
绝食
2005年7月21日，美国军方证实被关押在关塔那摩湾的52名囚犯开始绝食，抗议在没有经过审判的情况下以恐怖嫌疑人的身份将他们拘押了三年多。8月8日，87名囚犯开始绝食，其中10人需要强制鼻管喂食[2] ，抗议对他们的无限期拘押、得不到公正审理，以及美军基地对他们的不人道待遇。12月25日，又有46人加入了绝食的行列。对于一些绝食囚犯被美军强制喂食的问题，人权团体表示了质疑。
2006年3月9日，来自英国和美国等7个国家的260多名医生在医学杂志《柳叶刀》上刊登一封联名信，呼吁监狱管理部门准许在押犯人绝食而死。5月29日，关塔那摩监狱发言人说，又有75名狱中囚犯新近开始绝食，以此来声援3名已绝食数月的囚犯。
自杀
2006年6月10日，美军南方司令部发表声明说，关塔那摩基地监狱的看守发现3名囚犯死在牢房中，死因显然是自杀。这是自美军设立该监狱以来发生的首起囚犯死亡事件。死者是2名沙特阿拉伯人和1名也门人。
2006年9月14日，美国将关押在关塔那摩基地的两名科威特人41岁的阿明和32岁的昆达里遣返回科威特。
10月12日，美国向阿富汗移交了16名关押在关塔那摩监狱中的囚犯，向摩洛哥移交了1名囚犯。
10月16日，美国向伊朗和巴林各移交了1名关押在关塔那摩监狱中的囚犯，向巴基斯坦移交了2名囚犯。
11月20日，美国从关塔那摩监狱释放的3名囚犯抵达阿尔巴尼亚，他们分别为埃及人、阿尔及利亚人和乌兹别克斯坦人。
12月17日，美国五角大楼宣布，军方将18名关押在古巴关塔那摩基地的外国囚犯遣送回他们各自的国家，其中包括7名阿富汗人、6名也门人、3名哈萨克斯坦人、1名利比亚人和1名孟加拉国人。
2007年3月1日，美国分别向阿富汗和塔吉克斯坦移交了两名和三名被关押在关塔那摩监狱的囚犯。
6月19日，美国向突尼斯移交了两名被关押在关塔那摩监狱的囚犯，并向也门移交了4名囚犯。
7月16日，美国向沙特阿拉伯移交了16名关押在关塔那摩监狱的囚犯。
8月9日，美国分别向阿富汗和巴林移交了5名和1名关押在关塔那摩监狱的囚犯。
