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《方法论》(Discours de la méthode)是笛卡尔在1637年出版的著名哲学论著，对西方人的思维方式，思想观念和科学研究方法有极大的影响，有人曾说：欧洲人在某种意义上都是笛卡儿主义者，就是指的受方法论的影响，而不是指笛卡儿的二元论哲学。
笛卡尔在方法论中指出，研究问题的方法分四个步骤：
1. 接受任何我自己不清楚的真理，就是说要尽量避免鲁莽和偏见，只能是根据自己的判断非常清楚和确定，没有任何值得怀疑的地方的真理。就是说只要没有经过自己切身体会的问题，不管有什么权威的结论，都可以怀疑。这就是著名的“怀疑一切”理论。例如亚里士多德曾下结论说，女人比男人少两颗牙齿。但事实并非如此。
2. 要研究的复杂问题，尽量分解为多个比较简单的小问题，一个一个地分开解决。
3. 小问题从简单到复杂排列，先从容易解决的问题着手。
4. 问题解决后，再综合起来检验，看是否完全，是否将问题彻底解决了。
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| 笛卡尔 |
1617至1619年从军两年，在此期间他领悟出解析几何原理，并开始以数学原理去思考哲学问题。退役后，因不满于当时巴黎的教会传统，而游走于各国，迄1628年定居荷兰，长达20年之久。笛卡尔终身未娶，一生以哲学为伴。
1649年瑞典女王克里斯蒂纳邀请笛卡尔到她宫廷讲授哲学，女王规定每周三天早晨五点讲课，此一规定打破了笛卡尔晚起的习惯。在极度寒冷的冬天，身体一向羸弱的笛卡尔无法支持，终于在1650年2月11日因伤风转成肺炎而逝世于斯德哥尔摩，年仅54岁。
事隔16年之后，笛卡尔的尸骨移葬巴黎时，发生了几桩荒唐事件：首先是法国驻瑞典大使从笛卡尔的尸骨中取去一块右手指骨，称说是留任纪念；复又因棺木太短，而将其头骨装入另一棺木，且运抵巴黎之后，居然未将二者合在一处，只将他的无头尸骨下葬了事。犹有奇者，若干年后发现埋葬于另一处的头骨又被一军人盗走，直到150年之后才又寻获送返巴黎。因此，笛卡尔的坟墓中可能埋的只有他躯体部分。从这些荒唐事件看，当时法国对这位大哲学家并未给予应有的尊重。笛卡尔生前主张心身二元论，死后居然落得身首异处，诚为历史的巧合。
1612年，他到巴黎普瓦捷大学供读法律，四年后获颁博士学位，并成为律师。当时法国社会的有志之士，不是致力宗教，便是献身军事，这种风气甚为盛行，这驱使笛卡尔于1618年往荷兰从军。服役期间，他仍对数学感兴趣。某日休息，他在街上散步时受一荷兰文招贴所吸引，但因不懂荷兰文，于是请身边的人译成拉丁文或法文。恰巧这人是多特学院院长毕克门。经此翻译，笛卡尔才得悉这是一张当时数学家所下的挑战书，广征上列难题答案。笛卡尔竟在数小时内求得答案，使毕克门大为佩服。 1621年，笛卡尔脱离军队返法，但适逢内乱，于是游历于丹麦、德国、意大利等地。直至１６２５年才返回法国，与梅森等人一起研讨数学。1628年移居荷兰，并通过数学家梅森神父，与欧洲主要学者保持密切联络。闲时更从事数学、天文学、物理学、化学及生理学等领域的研究。他所有著作几乎全是在荷兰完成的。他的主要著作有《指导哲理之原则》1628年写成以哥白尼学说为基础之《论世界》1634年完成，但因伽利略受教会迫害而未出版《方法论》1637年6月8日于莱顿匿名出版，《形而上学的沉思》及《哲学原理》1644年出版。
在1960年代以前，西方科学研究的方法，从机械到人体解剖的研究，基本是按照笛卡儿的方法论进行的，对西方近代科学的飞速发展，起了相当大的促进作用。但也有其一定的缺陷，如人体功能，只是各部位机械的综合，而对其互相之间的作用则研究不透。直到阿波罗号登月工程的出现，科学家们才发现，有的复杂问题无法分解，必须以复杂的方法来对待，因此导致系统工程的出现，方法论的方法才第一次被综合性的方法所取代。系统工程的出现对许多大规模的西方传统科学起了相当大的促进作用，如环境科学，气象学，生物学，人工智能等等。
